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正面按键
机身正面的按键基本是左手拇指进行操作的。在机身卡口旁边，有Fn键和闪光灯键，闪光灯键除了用于弹出闪光灯以外，还可以用来配合拨盘直接进行闪光灯模式选择。Fn键可以改变直接改变拍摄模式等参数。
机顶按键
D40X和尼康其他基部单反的操作差别主要体现在机身顶部上，由于取消了肩上参数LCD的设计，使得它的模式转盘从左边移到了右边。它的模式转盘一共有12个模式可供选择，除了4个创意模式以外，还有8个情景模式，这和其他所有的低端单反一样，把常用的情景模式提到了模式转盘，方便操作，而且，其儿童模式是D40/D40X最独特的模式。手柄处设置有快门、电源开关、消息显示键和曝光补偿键。其中，曝光补偿键是需要组合键操作的，按住该键，配合后转轮可以进行曝光补偿的调节，如果是在M档，则用同样的方法调节光圈。
机身按键
机身的按键布置也很DC化，左侧的按键只有四个，分别是回放键、菜单键、缩小键和放大/参数调整键。机身右侧的按键则是方向键、删除键、AE-L/AF-L键和后转轮。方向键的做工很好，比起多数DC来说，手感要更有弹性，不会显得很硬。后转轮的阻尼偏小，转动很轻松。在按键操作上，D40X比以前的D70要方便了很多，比如直接的放大键和缩小键，不用再象以前那种组合操作才能放大回放和缩小回放。不过，改变拍摄参数还是稍稍有些麻烦，首先要按下参数调整键，然后进入调整界面，通过方向键选择要调整的参数，按下OK键进入调整，调整好再按OK结束，整个手续比较麻烦。
菜单操作
下图是D40X的参数界面和参数修改界面。D40的参数界面可以用漂亮来形容，不但参数显示非常明了，连光圈和快门的显示都很有个性。尤其是光圈，直接就可以看到光圈的形状，我想，这对于大家理解光圈数值有非常大的好处，我曾经不止一次的向大家解释光圈的数值是倒数的概念，结果很多人仍旧迷迷糊糊，现在好了，看到光圈的显示形状，直接就知道此刻的光圈有多大了。它的参数修改界面同样清晰明了，在修改参数的时候，还有小图提示这种模式的常用应用范围，比如高ISO的时候，就会显示一个演唱会的图片，告诉大家演唱会的时候使用这种ISO最好。
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下图是D40X的菜单和回放界面。可以看到，D40X的菜单非常长，不过好在常用的都是在前面的，操作也算省力。
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总体来说，D40X的菜单操作更加入门化一些，那些没有经过胶片机熏陶的用户也能直接上手，从DC过渡过来的用户则几乎不需要熟悉就能直接操作了。
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